常见的商业合作模式包括独立经营、加盟连锁、合资合作、合作联盟、战略联盟等。独立经营的优势在于自主性强，但劣势在于风险承担大；加盟连锁的优势在于品牌支持和风险分担，劣势在于缺乏自主权；合资合作的优势在于资源共享和风险共担，劣势在于决策难度大；合作联盟的优势在于资源互补和风险共担，劣势在于合作伙伴关系难以管理；战略联盟的优势在于资源整合和风险共担，劣势在于利益分配难题。
针对不同的合作模式，管理者可以通过明确各方的责任和权利，建立有效的合作机制和约束机制，以及建立有效的利益分配机制来解决合作中可能出现的问题。同时，管理者需要在实际操作中不断总结经验，及时调整合作模式，以提高合作的效率和效果。
具体案例：
例如，麦当劳采取加盟连锁的经营模式，通过与加盟商建立稳固的合作关系，实现了品牌在全球范围内的迅速扩张。同时，麦当劳总部提供统一的供应链和营销支持，加盟商在经营过程中也能够分享到总部的经验和资源，从而实现了双方利益的最大化。不过，加盟连锁模式也存在着加盟商对品牌形象和经营策略的不满，需要总部进行统一的管理和调节。